[PYTHON] Networkx Multigraph from_pandas_dataframe

Networkx Multigraph from_pandas_dataframe

networkx의 from_pandas_dataframe을 사용하여 pandas DataFrame에서 MultiGraph () 인스턴스를 만들려고합니다. 아래 예제에서 내가 뭘 잘못하고 있니?

In [1]: import pandas as pd
        import networkx as nx

        df = pd.DataFrame([['geneA', 'geneB', 0.05, 'method1'],
                           ['geneA', 'geneC', 0.45, 'method1'],
                           ['geneA', 'geneD', 0.35, 'method1'],
                           ['geneA', 'geneB', 0.45, 'method2']], 
                           columns = ['gene1','gene2','conf','type'])

먼저 기본 nx.Graph ()로 시도해보십시오.

In [2]: G= nx.from_pandas_dataframe(df, 'gene1', 'gene2', edge_attr=['conf','type'], 
                                    create_using=nx.Graph())

비 MultiGraph ()로서 중복 된 가장자리 중 하나가 누락되었습니다.

In [3]: G.edges(data=True)
Out[3]: [('geneA', 'geneB', {'conf': 0.45, 'type': 'method2'}),
         ('geneA', 'geneC', {'conf': 0.45, 'type': 'method1'}),
         ('geneA', 'geneD', {'conf': 0.35, 'type': 'method1'})]

MultiGraph () 사용 :

In [4]: MG= nx.from_pandas_dataframe(df, 'gene1', 'gene2', edge_attr=['conf','type'], 
                             create_using=nx.MultiGraph())

이:

TypeError                                 Traceback (most recent call last)
<ipython-input-49-d2c7b8312ea7> in <module>()
----> 1 MG= nx.from_pandas_dataframe(df, 'gene1', 'gene2', ['conf','type'], create_using=nx.MultiGraph())

/usr/lib/python2.7/site-packages/networkx-1.10-py2.7.egg/networkx/convert_matrix.pyc in from_pandas_dataframe(df, source, target, edge_attr, create_using)
    209         # Iteration on values returns the rows as Numpy arrays
    210         for row in df.values:
--> 211             g.add_edge(row[src_i], row[tar_i], {i:row[j] for i, j in edge_i})
    212 
    213     # If no column names are given, then just return the edges.

/usr/lib/python2.7/site-packages/networkx-1.10-py2.7.egg/networkx/classes/multigraph.pyc in add_edge(self, u, v, key, attr_dict, **attr)
    340             datadict.update(attr_dict)
    341             keydict = self.edge_key_dict_factory()
--> 342             keydict[key] = datadict
    343             self.adj[u][v] = keydict
    344             self.adj[v][u] = keydict

TypeError: unhashable type: 'dict'

의문 pandas 데이터 프레임에서 MultiGraph ()를 어떻게 인스턴스화합니까?

해결법

1. ==============================

   1.GitHub에서 제안 된 수정을 한 버그입니다.

   GitHub에서 제안 된 수정을 한 버그입니다.

   convert_matrix.py의 211 행을 다음과 같이 변경했습니다.

   g.add_edge(row[src_i], row[tar_i], attr_dict={i:row[j] for i, j in edge_i})
   

   그 변화의 결과 :

   MG= nx.from_pandas_dataframe(df, 'gene1', 'gene2', edge_attr=['conf','type'], 
                                    create_using=nx.MultiGraph())
   
   In [5]: MG.edges(data=True)
   Out[5]: [('geneA', 'geneB', {'conf': 0.05, 'type': 'method1'}),
            ('geneA', 'geneB', {'conf': 0.45, 'type': 'method2'}),
            ('geneA', 'geneC', {'conf': 0.45, 'type': 'method1'}),
            ('geneA', 'geneD', {'conf': 0.35, 'type': 'method1'})]
   

2. ==============================

   2.좋은 질문입니다. 나는 당신의 MultiGraph ()를 다른 방식으로 구축하면서 3/4 열만 사용하여 문제를 재현하려고했습니다 :

   좋은 질문입니다. 나는 당신의 MultiGraph ()를 다른 방식으로 구축하면서 3/4 열만 사용하여 문제를 재현하려고했습니다 :

   MG = nx.MultiGraph()
   
   MG.add_weighted_edges_from([tuple(d) for d in df[['gene1','gene2','conf']].values])
   

   이것은 올바르게 MG.edges (data = True)로 반환됩니다.

   [('geneA', 'geneB', {'weight': 0.05}), ('geneA', 'geneB', {'weight': 0.45}), ('geneA', 'geneC', {'weight': 0.45}), ('geneA', 'geneD', {'weight': 0.35})]
   

   3 열만 사용하여 from_pandas_dataframe 메서드를 시도했지만 작동하지 않습니다.

   MG = nx.from_pandas_dataframe(df, 'gene1', 'gene2', edge_attr='conf', create_using=nx.MultiGraph())
   

   이 오류는 발생한 오류와 동일한 오류를 반환합니다. 버그인지 또는 MultiGraph ()에 대해 하나 이상의 가중 유형을 지원하지 않는지는 알 수 없습니다. 그 동안 위의 해결 방법을 사용하여 최소한 하나의 가중치 유형으로 MultiGraph를 구축 할 수 있습니다. 희망이 도움이됩니다.

from https://stackoverflow.com/questions/35210724/networkx-multigraph-from-pandas-dataframe by cc-by-sa and MIT license