[PYTHON] 파이썬에서 매트릭스를 희소하게하는 csv

파이썬에서 매트릭스를 희소하게하는 csv

그래프의 노드 간 연결을 나열하는 커다란 csv 파일이 있습니다. 예:

0001,95784 0001,98743 0002,00082 0002,00091

즉 노드 ID 0001은 노드 95784와 98743에 연결되어 있습니다. 나는 이것을 numpy의 드문 드문 행렬로 읽어야한다. 내가 어떻게 할 수 있니? 파이썬에 익숙하지 않기 때문에 이것에 대한 자습서도 도움이 될 것입니다.

해결법

1. ==============================

   1.scipy의 lil_matrix (리스트 행렬의리스트)를 사용한 예제.

   scipy의 lil_matrix (리스트 행렬의리스트)를 사용한 예제.

   $ cat 1938894-simplified.csv
   0,32
   1,21
   1,23
   1,32
   2,23
   2,53
   2,82
   3,82
   4,46
   5,75
   7,86
   8,28
   

   암호:

   #!/usr/bin/env python
   
   import csv
   from scipy import sparse
   
   rows, columns = 10, 100
   matrix = sparse.lil_matrix( (rows, columns) )
   
   csvreader = csv.reader(open('1938894-simplified.csv'))
   for line in csvreader:
       row, column = map(int, line)
       matrix.data[row].append(column)
   
   print matrix.data
   

   산출:

   [[32] [21, 23, 32] [23, 53, 82] [82] [46] [75] [] [86] [28] []]
   

2. ==============================

   2.인접 행렬을 원할 경우 다음과 같이 할 수 있습니다.

   인접 행렬을 원할 경우 다음과 같이 할 수 있습니다.

   from scipy.sparse import *
   from scipy import *
   from numpy import *
   import csv
   S = dok_matrix((10000,10000), dtype=bool)
   f = open("your_file_name")
   reader = csv.reader(f)
   for line in reader:
       S[int(line[0]),int(line[1])] = True
   

3. ==============================

   3.순수 파이썬 네트워크 / 그래프 패키지 인 Networkx에도 관심이 있습니다.

   순수 파이썬 네트워크 / 그래프 패키지 인 Networkx에도 관심이 있습니다.

   웹 사이트에서 :

   >>> import networkx as nx
   >>> G=nx.Graph()
   >>> G.add_edge(1,2)
   >>> G.add_node("spam")
   >>> print G.nodes()
   [1, 2, 'spam']
   >>> print G.edges()
   [(1, 2)]
   

from https://stackoverflow.com/questions/1938894/csv-to-sparse-matrix-in-python by cc-by-sa and MIT license